Auen sind ökologisch einzigartig und erfüllen vielfältige biologische Funktionen. In ihren einzigartigen Pflanzen- und Tierwelten bieten sie Platz für seltene und gefährdete Arten, bilden auf natürliche Art Hochwasserrückhalt wie auch Möglichkeiten für die natürliche Grundwasseranreicherung.

Auen sind Überlebensräume für viele Tiere und Pflanzen. Rund 1500 Pflanzenarten, etwa die Hälfte der einheimischen Flora, leben hier. Auch viele teils bedrohte Tierarten, etwa der Flussregenpfeifer, die Blauflügel-Prachtlibelle, die Nase oder der Biber finden hier wertvolle Lebensräume.

Das Aargauer Volk hat 1998 einen Auftrag für den Auenschutz in der Kantonsverfassung verankert: "Der Kanton Aargau schafft innert zwanzig Jahren zum Schutze des bedrohten Lebensraumes der Flussauen und zur Erhaltung der landschaftlich und biologisch einzigartigen, national bedeutsamen Reste der ehemaligen Auengebiete einen Auenschutzpark. Dieser setzt sich, ausgehend vom Wassertor der Schweiz, aus Teilflächen längs der Aare und Reuss und ihrer Zuflüsse zusammen."