Nach der Eroberung des Aargaus durch die Eidgenossen im Jahre 1415 gehörte Lengnau zum Untertanengebiet des Landvogtes der Grafschaft Baden.

Die nachfolgende Geschichtsepoche bis zur Neuordnung der Schweiz durch Napoleon im Jahre 1798 wirkte sich besonders nachhaltig auf das Dorfgeschehen aus. Grund dafür war die Zuweisung der aus den eidgenössischen Stammlanden vertriebenen und während des dreissigjährigen Krieges aus Deutschland flüchtenden Juden in beiden Surbtaldörfern Endingen und Lengnau. Die beiden christlichen und jüdischen Religionen prägten das politische, wirtschaftliche und kulturelle Dorfleben in hohem Masse.

Mit knapp 600 Einwohnern erreichte die jüdische Bevölkerung gegen Mitte des letzten Jahrhunderts ihren Höchststand. Nachdem im Jahre 1986 die letzte in Lengnau gebürtigte und wohnhafte Jüdin verstarb, ging damit die fast 350-jährige jüdische Asylzeit zu Ende.

Zurück bleiben heute als Wahrzeichen die auf dem Dorfplatz stehende Synagoge (erbaut 1846 - 48), der älteste jüdische Friedhof der Schweiz zwischen Endingen und Lengnau und das heute noch aus der ganzen Schweiz belegte jüdische Altersheim.